“闇之書事件”（參照魔法少女奈葉A's）的10年后。踏入19歳的高町奈葉、菲特·T·哈洛溫、八神疾風(fēng)三人，懷抱著彼此的友情牽絆、為了追求各自的夢想實(shí)現(xiàn)而加入時空管理局，并以一流魔導(dǎo)師的身分活躍。 在此當(dāng)中，出現(xiàn)了新發(fā)現(xiàn)的太古遺產(chǎn)“圣遺晶石”（レリック），以及以此為目標(biāo)而出現(xiàn)的謎樣機(jī)械兵器“共鳴拓發(fā)者”（ガジェットドローン）。為了迅速對應(yīng)日后被稱為“圣遺晶石事件”的狀況，八神疾風(fēng)考慮到設(shè)置能夠迅速對應(yīng)的獨(dú)立部隊(duì)的必要性，設(shè)立了專責(zé)處理與太古遺產(chǎn)關(guān)連任務(wù)的特殊部隊(duì)——“機(jī)動六課”。 另一邊，時間回溯到四年前。昴·中島在遭到機(jī)場火災(zāi)卷入而幾乎喪命之際，由于奈葉的出現(xiàn)而得救。因?yàn)殂裤街缤白约豪硐胫械男蜗蟆币话愕哪稳~，昴在當(dāng)晚的滿天星空之下，做出了“成為管理局的魔導(dǎo)師”的決定。 四年后，經(jīng)過一番波折而順利成為管理局的新進(jìn)魔導(dǎo)師的昴，與訓(xùn)練校時代的伙伴蒂雅娜...